Garang alikataa kushiriki katika serikali ya mpito mwaka wa 1985 au uchaguzi wa 1986, na kubaki akiwa kiongozi wa waasi. Hata hivyo, SPLA na serikali zilitia saini mkataba wa amani tarehe 9 Januari 2005 mjini Nairobi, Kenya. Tarehe 9 Julai 2005, aliapishwa kama makamu wa rais, cheo cha pili kwa ukuu katika nchi, kufuatia sherehe ambapo yeye na Rais Omar al-Bashir walitia saini katiba ya kugawana madaraka. Yeye pia alikuwa kiongozi wa utawala wa kusini mwa Sudan yenye uhuru mdogo kwa miaka sita kabla ya kufanyika kwa kura ya maoni ya uwezekano wa Kuganywa. Hakuna Mkristo au mtu kutoka kusini aliwahi kushikilia cheo cha juu kama hicho serikalini. Akizungumza baada ya sherehe, Garang alisema, "Mimi nawapongeza watu wa Sudan, hii si amani yangu au amani ya al-Bashir, ni amani ya watu wa Sudan."